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遺伝子間領域には非常に多くの進化的高度保存配列（ＣＮＥ）が存在しその多くは組織特異的なエンハンサーであると考えられている。その中には脊椎動物の起源近くまで遡るほど古いものもあり、脊椎動物の共通祖先で起きたゲノム重複によって生じたパラログ間で保存されているものも存在する。従来の理論（ＤＤＣモデル）ではこのようなエンハンサーの保存を説明することができない。なぜ５億年以上に渡ってパラログ間のＣＮＥが保存し、機能の「冗長性」が維持されているのだろうか？　私たちはゲノム重複によって生じた前脳に発現する転写調節遺伝子Ｇｓｈ１、Ｇｓｈ２の間にこのようなパラログ間高度保存ＣＮＥを発見し、トランスジェニックマウス実験でその機能を解析している。その結果、Ｇｓｈ１、Ｇｓｈ２遺伝子間の共通ＣＮＥは、前脳において互いに非常に似た組織特異性を示すエンハンサーであることがわかった。モデルの検討から、重要な発生調節遺伝子が環境や確率的なノイズにより発現量変動をするのを補償するシステムの維持のために、エンハンサーに進化的制約がかかることが示唆された。以上の結果から、重複遺伝子の維持機構として、遺伝子重複によって成立するロバストな遺伝子発現機構の純化淘汰を考えるモデルが、従来のsubfunctionalizationを前提とするＤＤＣモデルに依存しない新たな仮説として提示された。